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                  轉錄組分析的正確姿勢
                  凤凰彩票app下载:生信寶典   發佈者:ailsa   日期:2018-04-27   今日/總瀏覽:6/8868

                  轉錄組分析是目前應用最廣的高通量測序分析技術之一aaaaa。常見設計是不同樣品之間比較aaa,尋找差異基因、標誌基因、協同變化基因、差異剪接和新轉錄本aaaaa,並進行結果可視化、功能註釋網絡分析等aaa。

                  轉錄組的測序分析也相對成熟aaa,從RNA提取、構建文庫、上機測序再到結果解析既可以自己完成aaaa,又可以在專業公司進行aaa。

                  概括來看轉錄組的分析流程比較簡單aaaaa,序列比對-轉錄本拼接 (可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定製分析aaaa。整個環節清晰流暢aaa,可以作爲最開始接觸高通量測序學習最合適的技術之一aaaaa。

                  但重點和難點在於理解這些過程都是怎麼做的aaaa,有什麼需要注意的aaa,結果怎麼解讀aaa,後續分析怎麼做aaa。這些只有自己動手操作過aaa,纔可能有理解aaaa。而理解了一個aaa,再去做其它類型分析aaa,也會輕鬆很多aaaa。

                  而且現在三代測序火起來了aaa,該怎麼去選擇呢? 三代測序能幫我們解決什麼問題aaaaa,不能做什麼aaa,有什麼需要注意的aaaaa,分析起來有什麼不同aaa,二代-三代如何統一分析aaaaa?也是我們面臨的一個新問題aaaaa。

                  實驗設計這塊重要的是對照和至少3個生物學重複aaaaa,並選擇合適的測序通量aaa。ENCODE要求重複之間的Spearman correlation值大於0.9 (遺傳背景不一致的生物重複相關係數要大於0.8)aaaa。定量基因表達和評估轉錄圖譜相似性只需要中等測序深度aaa;而研究新轉錄本和可變剪接則需要更深的測序aaaa;一般來講長RNA-seq文庫測序深度滿足可用reads20-30 million (如果測PE150aaaaa,換算成鹼基數爲6G-9G)aaaa。

                  另外一個需要注意的是測序的批次效應aaa,保證自己的樣品同時處理、RNA同時提取、同時構建文庫和上機測序aaaaa。這些環節雖然不能總受我們控制aaaaa,但記錄下對應的操作時間和批次aaa,最後在繪製表達圖譜時與實驗相關參數進行關聯展示 (利用我們介紹的熱圖簡化高顏值可定製在線繪圖工具-第三版)aaaaa,從而保證結果沒有受到試驗中處理批次的影響aaaaa。ENCODE計劃有一篇文章在比較人和小鼠不同組織的表達譜相似度時得到的結果是樣品按物種而非組織聚在一起aaa,這與之前認爲的發育通路的保守性不符aaaa。後來發現是測序批次搗的鬼aaaa,做了批次效應矯正後aaaa,表達圖譜按組織而非物種聚在一起了aaaa。

                  測序環節通常不需要自己操作aaa,測序公司都很成熟aaa,但測序的原理需要知道aaaaa。這會影響到後續分析時參數的選擇aaa,比如知道什麼是插入片段大小aaaaa,什麼是鏈特異性測序aaaaa,什麼情況會有接頭序列aaaaa,雙端測序如何測等aaaaa。

                  獲得數據後aaaa,就涉及到數據的傳輸和質量評估(也包括如何從公共數據庫下載數據)和文件格式的轉換aaa。FASTQ格式解釋和質量評估中有些提及aaa。質量評估的意義在於從測序質量角度評價建庫和測序的成功與否aaaaa,指導接頭和低質量鹼基的去除aaaa。這一步參數控制的嚴格與否對後續的比對會有影響aaaa,同時也會受到後續分析選擇的工具的影響aaa。對Linux系統一定程度的瞭解aaaa,是進行這些工作的基礎aaa。

                  39個轉錄組分析工具aaaaa,120種組合評估(轉錄組分析工具哪家強)中講述瞭如何選擇、評估合適的比對工具aaa,序列拼裝工具aaa,定量工具和差異分析工具aaaaa。值得我們在進入正式的分析之前aaa,仔細閱讀aaaaa。另外類似的評估文章aaaaa,還有幾篇aaaaa,都可以一併讀一下aaaaa,這樣在後期分析時對工具的選擇和使用才更得心應手aaa。

                  工具比較類文章一般只告訴你做了什麼aaaa,不告訴你這麼做的原因是什麼aaa,而且每一步細分開來又有很多小細節需要注意aaa,比如在比對環節就會涉及到:不同的樣本如何選擇合適的基因組和註釋文件aaa,什麼樣的軟件支持Junction reads的比對aaaaa,什麼樣的比對率是合適的aaa,比對質量怎樣aaaaa,測序中RNA有無降解或選擇偏好性aaa,測序飽和度如何等aaa。

                  這些可能都不會體現在最終的結果中aaaaa,但都是確保後期結果可靠性所必須要做的事情aaaa。2002年諾貝爾獎得主Sydney Brenner曾對數據分析做過提醒Garbage in, Garbage outaaaaa。軟件是死的aaa,提供了格式正確的輸入aaaaa,就可以得到輸出aaaa,但輸出正確與否aaaa,就得靠人的經驗來判斷了aaa。

                  在後面的差異基因鑑定階段aaa,還存在把FPKM值轉換爲整數再提交給DESeq2做分析的aaa,軟件不報錯aaaaa,但結果不對aaa。或者能順着教程運行DEseq2分析aaaaa,但換成自己的數據就不知道如何下手的aaaaa。這些問題都需要在實踐過程中持續不斷的試錯、閱讀更多的文章和教程來步步矯正aaaa。這當然是一個耗時耗力的過程aaaa,那麼有沒有一個更好的方式呢aaa?

                  生信寶典團隊經過緊張的籌備aaaa,決定推出一系列的針對生信學習和高通量分析的興趣小組(在生信學習系列教程的基礎上進一步拓展和深入)aaaaa,跟大家一起去走過這段歷程aaaaa。我們的口號是易生信aaa,畢生緣aaa,希望能通過短暫高強度的訓練快速推進大家在生信分析領域的進展aaa。

                  但生信學習是個緩慢的過程aaaa,需要教、學、練、改不斷的循環aaa。我們希望能通過系列課程aaa,再加上四段式培訓模式集中講解實戰(2天)-自行練習(5天)-再講解答疑考覈(2天)-後續視頻觀摩和羣內討論跟大家一起探索如何儘可能快的學會生信aaa,學到可以自己做aaaa,有問題自己可以解決的程度aaaa。

                  課程簡介

                  一、轉錄組的應用、設計和案例分享

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                  1. 轉錄組學研究技術介紹

                  2. 轉錄組學實驗設計和測序原則、注意事項

                  3. 轉錄組學文章案例分析

                  4. 在線基因表達資源數據庫

                  二、轉錄組分析流程實戰

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                  1. 測序數據質量評估和清洗

                  2. 基於比對的差異基因分析

                  3. 不基於比對的差異基因分析

                  4. 轉錄本組裝和選擇性剪接分析

                  5. 目標基因富集分析

                  三、轉錄組高級分析

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                  1. WGCNA基因共表達分析

                  2. WGCNA基因、表型關聯分析

                  3. Cytoscape 共表達網絡繪製

                  4. 轉錄組常見圖形在線繪製

                  四、三代測序技術概述

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                  1. PacBio和Oxford Nanopore測序的原理

                  2. 三代測序的特點和應用

                  3. 三代測序在轉錄組研究的優勢和案例分享

                  五、三代測序基本分析流程

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                  1. 原始測序序列去除接頭和錯誤序列

                  2. 提取環形一致序列讀長(CCS reads)

                  3. CCS reads分類(包括全長和非全長CCS reads)

                  4. CCS reads聚類(根據CCS reads序列的相似性)獲得最終的轉錄本集合

                  5. 最終轉錄本比對回基因組

                  6. 轉錄本定量和可變剪接分析

                  如果您有其它關注的問題aaaaa,也請報名時提出aaaaa,把這次課程變成您的定製講解aaaaa。

                  主講教師

                  主講老師包括愛荷華大學、中科院微生物所、遺傳發育所、基因組所、生物物理所等多名本領域一線技術專家aaaa。

                  助教團隊

                  十餘名科學院、清華、北大博士(含在讀)aaaa,輪值講師和助教aaa,輔助學員學習和矯正培訓過程中不足的點aaaa。

                  培訓時間

                  2018-05-12 到 2018-05-13 (主要是二代測序)

                  2018-05-19 到 2018-05-20 (主要是三代和二三混合)

                  獨創線下集中授課2天+自行練習5天+再集中講解答疑2天+後期學習羣的四段式教學aaaa,並提供學習視頻aaaa,教、學、練、答結合aaa,真正實現獨立分析大數據aaa。

                  每天早9點到晚5點aaaaa,半封閉式教學

                  報到時間:上課當天aaaaa。

                  授課地點

                  北京市西城區鼓樓明德大廈 (北京市舊鼓樓大街47號院2號樓2010)aaaa。

                  課程價格

                  1. 限時優惠4199元/人aaa,之後恢復原價6999元/人 (住宿自行解決aaaa,提供培訓期間午餐)

                  2. 名額有限aaaaa,每次課程報名滿30人後自動關閉報名通道

                  3. 提供易漢博基因科技實習機會或工作機會

                  促銷優惠活動

                  座位按報名併成功繳費順序從前到後龍擺尾式排序

                  贈送價值188元線上生信基礎課程一門aaaaa,目前的《應用Python處理生物信息數據和作圖》、《生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版》和《生物信息中的Linux應用》任選其一aaa。(http://bioinfo.ke.qq.com)

                  多人(Naaaa,10>N>1)組團報名並同時繳費aaa,每人還可獲得價值N百元(最高500)的禮品(充值或購物卡)aaaa。

                  更多課程的詳細介紹aaaaa,請掃描下方二維碼aaaaa。

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